Тему занятий определяют Оргкомитет и научный руководитель Школы.
Школа 2016 года — «Как астрономы исследуют мир» — была посвящена методам, которые используют в своей работе современные астрономы.
«Движения космических объектов» — тема II Зимней школы, тема III Зимней школы — «Солнце и Солнечная система».
Формат работы Школы: лекции, семинары, решение задач, тематические экскурсии.
Занятия в Зимней школе юного астронома проводят ведущие астрономы и астрофизики
ГАИШ МГУ: доктора физико-математических наук — А. В. Засов, С. Б. Попов, А. С. Расторгуев, Н. В. Емельянов, В. Е. Жаров, Н. Н. Самусь, кандидаты физико-математических наук — В. Г. Сурдин, А. М. Татарников и другие ученые.
А семинар по решению астрономических задач на II Зимней школе провел руководитель астрономического кружка им. Е. П. Левитана из города Жуковский — М. В. Кузнецов.